Le FSN n’est pas une nouvelle institution des Nations Unies, dépendant d’un mécanisme intergouvernemental : c’est une fondation de droit suisse, dont les statuts ont été approuvés en août 2004 par l’autorité fédérale suisse.  Placé sous la surveillance de la Confédération helvétique, le Fonds a son siège à Genève.