Dans sa phase initiale, le FSN est financé par les contributions de ses 20 membres fondateurs (Etats, régions et provinces, villes et gouvernements, agences internationales). Chaque membre fondateur s’est engagé à verser un montant de 300,000 euros, en espèces ou en nature. Au 31 décembre 2005, le FSN s’élève à 5'354'444 euros.

Les fonds déjà collectés depuis que la Ville de Genève a décidé de mettre en œuvre le « Principe de Genève » (1er janvier 2005) s’élèvent à plusieurs milliers d’euros.